A pocos meses de haber iniciado este proyecto, ya comenzó a haber problemas, por lo que ya se realizaron algunos cambios en sus órganos administrativos.
El titular de la Secretaría, Alfonso Durazo, pidió que que se fortaleciera la comunicación con las fiscalías y unidades antisecuestros.
Otro cambio que hubo fue que, Leonel Cota Montaño, fue designado de ser Subsecretario de Planeación, Información y Protección Civil a secretario ejecutivo del Sistema Nacional de Seguridad Pública.
Este antes mencionado toma el lugar que ocupaba, Franco Fabril Vázquez, quien a su vez lo traspasaron como Coordinador de Administración y Finanzas.
Otros cambios que destacan son Eduardo Bonilla quien trabajará ahora como nuevo director del Registro Público Popular, también Bertha Luján que será Secretaria Ejecutiva.
También Durazo le pidió a Francisco Garduño titular del Instituto Nacional de Migración desde hace un mes, lo que le pidió fue que impulse acciones que refuerce los programas de reincorporación social.
